Dňa 30.6.2009 sa v priestoroch veliteľstva vzdušných síl OS SR uskutočnil slávnostný nástup príslušníkov a zamestnancov k organizačným zmenám veliteľstva ktoré dňom 1.7.2009 prichádzajú do platnosti.
Doteraz známa štruktúra šiestich odborov A1 až A7 bola pretransformovaná do podoby troch nosných odborov, ktoré tvoria štáb veliteľstva. Reorganizačné zmeny sú v takomto významnom rozsahu realizované s cieľom optimalizovať štruktúry a súbežne aj vnútorné procesy a činnosti jednotlivých veliteľských štruktúr.
Novovytvorený Odbor pre operácie, ktorý je tvorený súčasťami bývalých odborov A2 a A3. V jeho pôsobnosti bude zodpovednosť za výcvik vo vzdušných silách, za plánovanie, riadenie a koordinovanie plnenia základných úloh a opatrení súvisiacich s použitím vzdušných síl na obranu Slovenskej republiky a úloh v NATINADS. Okrem uvedeného bude odbor plniť aj úlohy zabezpečenia spravodajskej podpory vzdušných síl.
Druhým odborom je Odbor podpory operácii, ktorý bol vytvorený zo súčastí bývalých odborov A1, A4, A6 a zdravotníckej služby. Tento najväčší odbor vo veliteľstve vzdušných síl bude zodpovedať za plánovanie, riadenie, koordinovanie a plnenie úloh v oblasti logistického zabezpečenia, inžiniersko-leteckej služby, personálneho zabezpečenia ako aj podpory v oblasti komunikačno-informačných systémov a zdravotníckej služby.
Odbor rozvoja spôsobilosti tvoria súčasti doterajších odborov A3, A7 a oddelenie rozpočtu a financovania. V pôsobnosti tohto odboru budú úlohy plnenia a koordinácie obranného plánovania, opatrení súvisiacich s rozvojom vzdušných síl, obrannej štandardizácie a finančne ekonomického zabezpečenia.
Súbežne so zmenami v štruktúre Veliteľstva vzdušných síl sa v rovnakom termíne reorganizujú zväzky a základne vzdušných síl.
Letecké základne sú reorganizované nasledovne: LZ Sliač na Zmiešané krídlo Sliač, LZ Prešov na Vrtuľníkové krídlo Prešov a dlk Kuchyňa na Dopravné krídlo Kuchyňa. Pre riadiacich funkcionárov na všetkých stupňoch riadenia a velenia, letecký a technický personál bude uvedená zmena znamenať zvýšené nároky na koordináciu z dôvodu zlúčenia leteckých a technických krídel oproti pôvodnej štruktúre.
U plrb Nitra v rámci zmeny štruktúr dochádza k navýšeniu počtov v dôsledku prepodriadenosti dvoch protilietadlových batérií IGLA od pozemných síl k vzdušným silám, čo znamená zvýšenie nárokov na vycvičenosť, materiálne zabezpečenie a najmä splnenie požiadaviek Cieľov síl.
Počas slávnostného nástupu veliteľ vzdušných síl generálmajor Ing. Juraj Baránek odovzdal pamätné listy odchádzajúcim príslušníkom veliteľstva.